Habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem

Čtyři fakulty univerzity jsou na základě akreditace udělené Akreditační komisí České republiky oprávněny vykonávat habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem:

Fakulta chemicko-technologická v osmi oborech,

Dopravní fakulta Jana Pernera ve dvou oborech,
Fakulta ekonomicko-správní v jednom oboru
a Fakulta filozofická v jednom oboru.