V oblasti výzkumu a vývoje představovaly výzkumné záměry hlavní komplexní směry výzkumné činnosti univerzity realizované tvůrčími skupinami jednotlivých fakult, jejich kateder a ústavů.
V letech 2005-2011 byla univerzita nositelem 3 výzkumných záměrů, jejichž řešiteli byla Fakulta chemicko-technologická (2) a Dopravní fakulta Jana Pernera (1).
| MSM 0021627502 | Pokročilé analytické a separační metody a jejich aplikace v diagnostice a technologii živých a neživých materiálů | Karel Vytřas, prof. Ing. DrSc. | FChT |
| MSM 0021627501 | Cílená příprava speciálních sloučenin a materiálů a studium jejich fyzikálně-chemických vlastností a nadmolekulárních struktur | Jaromír Šňupárek, prof. Ing. DrSc. | FChT |
| MSM 0021627505 | Teorie dopravních systémů | Tatiana Molková, doc. Ing. Ph.D. | DFJP |
