Vědeckovýzkumná činnost na univerzitě je prováděna v rámci kateder a ústavů jednotlivých fakult. Jsou však zakládány i mezikatedrální a mezifakultní týmy. Partnery při řešení projektů jsou také podniky a společnosti zabývající se aplikací dosažených poznatků v praxi a vědeckovýzkumná pracoviště jiných institucí, případně společně vytvořená pracoviště ve spolupráci s dalšími subjekty.
V návaznosti na orientaci jednotlivých pracovišť, potenciál lidských zdrojů a materiální zázemí univerzity jsou nabízeny širokému spektru externích subjektů odborné služby v rámci doplňkové činnosti univerzity. Týmy erudovaných odborníků poskytují expertní, znalecké, konzultační a servisní služby v celé řadě oborů.
Na vědeckovýzkumné činnosti se podílí i řada specializovaných pracovišť a dalších organizací, institucí a sdružení, které při univerzitě pracují.
Významnou úlohu na podporu pedagogických, studijních a vědeckých aktivit plní rovněž Nadační fond Miroslava Jurečka a Nadační fond Jana Pernera.
